Есть в них особо нечего. В засахаренном или высушенном виде используются в кулинарии, кожица плодов идёт для приготовления цукатов. Иногда мякоть добавляют в салаты или используют как приправу, например, к рыбе.
В традиционной китайской медицине сушёные плоды растения используют как отхаркивающее и тонизирующее средство. Высушенные цветки, известные в китайской медицине под названием Foshouhua, употребляют для возбуждения аппетита и как средство против тошноты.
В странах Восточной Азии плоды пальчатого цитрона являются символом счастья, богатства и долголетия. Плодами украшают дома, размещая их на столах и в интерьере своих жилищ, а также в храмах на алтарях в качестве приношения. Пахучие цитроны используются также для ароматизации помещений или личных вещей.